• Parco nazionale dell'Arcipelago Toscano
• Parco regionale della Maremma

Riserve naturali

• Basso Merse
• Cornate e Fosini
• Diaccia Botrona
• Torrente Farma
• La Pietra
• Montauto
• Monte Labbro (Parco Faunistico dell'Amiata)
• Monte Penna
• Laguna di Orbetello
• Pescinello
• Poggio all'Olmo
• Rocconi
• Montioni (Parco Interprovinciale)
• Bosco della SS. Trinità

Riserve naturali statali

• Riserva naturale statale di popolamento animale Belagaio
• Riserva naturale statale di protezione Duna di Feniglia
• Riserva naturale statale di popolamento animale Lago di Burano
• Riserva naturale statale di popolamento animale Laguna di Ponente di Orbetello
• Riserva naturale statale di popolamento animale Marsiliana
• Riserva naturale statale biogenetica Scarlino, Poggio Spedaletto
• Riserva naturale statale integrale Poggio Tre Cancelli

Zone di protezione lungo le rotte dell'avifauna

• Parte alta del Monte Amiata
• Lago di San Floriano
• Poggio Canaloni
• Oasi di protezione faunistica padule e costiere di Scarlino